Dein "gensub" ersetzt "ab minimal 1 und maximal 6 Zeichen vor dem letzten Nicht-Leerzeichen bis zum Ende" durch "die gefundenen Zeichen". Das Ergebnis ist dann natürlich "alles vor den gefunden Zeichen" und "die gefunden Zeichen". Wenn du nur "die gefunden Zeichen" haben willst, muss dein RegEx den _ganzen_ String von Anfang an matchen:

print gensub("^.*(.{,6})\\>\\s*$", "\\1", "g", sInput)


Oder dieses Script für die Gesamtaufgabe:

--- script ---
#!/usr/bin/awk -f

function randonoise(c)
{
  sub(/^[0-9]$/, sprintf("%c", int(rand() * 10) + 48), c);
  sub(/^[A-Z]$/, sprintf("%c", int(rand() * 26) + 65), c);
  sub(/^[a-z]$/, sprintf("%c", int(rand() * 26) + 97), c);
 
  return c;
}

{
  idx = match($0, /.{,6}\>\s*$/);    # find position of first of at most 6 trailing characters at the end of the last word with optional tangling white space
  out = substr($0, 1, idx);    # initialize output to everything before the match

  while (idx++ < length($0))    # loop over the remaining characters
    out = out randonoise(substr($0, idx, 1));    # randonoise each character and append to out
 
  print out;
}
--- /script ---