Hi Luca,
was spricht gegen ein diff/patch über das ganze /etc-Verzeichnis? Mit sehr wenigen Ausnahmen legen alle Pakete dort ihre Configs ab (falls bestimmte SW z.B. irgendwas unter /opt ablegt hift ein Symlink). Dann hast du zwar die Zuordnung Config-Datei<->Paket nicht explizit (auch wenn es über den Verzeichnisnamen naheliegend ist), aber wenn ohnehin viele Rechner hier mit der selben Config laufen, dann sollte ja nichts dagegen sprechen, wenn der eine oder andere vielleicht eine Configdatei von einem Paket, das auf ihm nicht installiert ist, "zu viel" hat.
Viele Grüße Fabian