Hallo Carsten,
avr-gcc hast du ja jetzt schon, zum schreiben des Atmel habe ich uisp genommen. Man kann ganz einfach mittels: uisp -dlpt=/dev/parport0 --erase -dprog=stk200 das Ding löschen oder mittels uisp -dlpt=/dev/parport0 --upload if=bla.hex -dprog=stk200 -v=3 --hash=32 hochladen. (Hier für einen stk200 kompatiblen Programmer an der parallelen Schnittstelle.) Eine GUI brauch man dafür nicht wirklich, es ist echt einfach!
Gruß, Martin