Hallo Sebastian,
ich habe, um latin1 als Encoding zu verwenden, i.d.R. folgendes im Kopf meiner LaTeX-Dokumente stehen. Evtl. kannst du dort auch das von dir verwendete Encoding einstellen (kA, was polnisch nutzt, vermute mal iso-8859-X).
\usepackage[latin1]{inputenc}
mfg, Fabian