Ich habe jetzt die Tabelle von InnoDB nach MyISAM konvertiert. Wahrscheinlich war das dämlich, aber es löst meine Probleme.
Das COUNT(*) geht extrem schnell: SELECT table_rows FROM information_schema.tables WHERE TABLE_SCHEMA = 'datenbank' AND table_name='pages'
Die 6,5GB große Tabelle wurde 4,5GB groß. Vorher brauchte MySQL 4,5GB RAM, jetzt nur noch 500MB.
Die CPU-Last sank auf 2%.
Und ja, die Daten sind noch da.
Thomas