Jan,
folgender Vorschlag: Erstelle von ~/.muttrc , /etc/Muttrc und /etc/exim/exim.conf ein backup und lösche diese Dateien. Dann rufe eximconfig als root auf, und reinstalliere exim (wegen der komischen permissions bei dir). Eventuell kannst du noch /etc/Muttrc aus dem Paket wieder einspielen. In dieser jungfräulichen Variante sollte es wirklich funktionieren.
Torsten