So, meine virtuelle Maschine hat mir leider noch ein paar Probleme bereitet und so habe ich es mal auf meinem Gentoo getestet. Das sollte aber keinen Unterschied machen.
Ich komme aber leider zu dem gleichen Resultat, wie du. make ARCH=i386 menuconfig make ARCH=i386 -j9 -l8 make ARCH=i386 deb-pkg
Bei dpkg-gencontrol bricht er natuerlich ab. Aber ein kurzer Test ergibt: file ./debian/hdrtmp/usr/src/linux-headers-4.4.52/scripts/basic/fixdep
./debian/hdrtmp/usr/src/linux-headers-4.4.52/scripts/basic/fixdep: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, interpreter /lib64/ld-linux-x86-64.so.2, for GNU/Linux 2.6.32, not stripped
Also das Problem scheint nicht bei dir zu liegen.